Pada 20 Oktober 2011, Aziz Bari digantung tugas dan dihantar surat tunjuk sebab oleh UIA [10]. Rektor UIA, Datuk Prof Zaleha Kamaruddin mengesahkan penggantungan tersebut. Beliau dilarang masuk ke pejabat dan kuncinya hendaklah diserahkan kepada pihak keselamatan UIA.[11] Penggantungan tersebut adalah penggantungan bergaji penuh.[12]

Datuk Zulkifli Noordin menyeru Abdul Aziz memohon maaf kepada Sultan Selangor kerana ulasannya biadap dan kurang ajar.[13] Senator Mohamad Ezam Mohd Nor ,bekas ketua Pemuda PKR menyeru beliau meletak jawatan dan membuat laporan polis di Balai Polis Seksyen 6 Shah Alam.

Pegawai PDRM dan Suruhanjaya Komunikasi dan Multimedia Malaysia (SKMM) turut menyiasat beliau berhubung reaksinya kepada titah Sultan Selangor berhubung pemeriksaan sebuah gereja di Petaling Jaya. Beliau turut ditanya tentang kemahiran ICT dan artikel-artikel tulisannya.Malahan editor Malaysiakini, Jimadie Shah Othman [14] turut diminta menyerahkan artikel tulisan Abdul Aziz.

Aziz menjelaskan lagi bahawa Akta Hasutan 1948 memperuntukan tidak menjadi kesalahan mengkritik Raja-Raja Melayu selagi tidak menuntut pemansuhan institusi itu.[15]Sultan Selangor mempunyai hak untuk campurtangan tetapi ia perlu dijalankan selaras dengan ajaran Islam.[16] Sultan Sharafuddin telah bertitah bahawa baginda amat tersinggung dengan usaha pihak tertentu yang cuba melemahkan kepercayaan dan akidah orang Islam di Selangor, dan komen Abdul Aziz Bari boleh dilihat sebagai tidak senang dengan usaha baginda menentang usaha melemahkan kepercayaan dan akidah orang Islam di Selangor.

Ironinya, pada 1983, Dr Mahathir Mohamad meminda Perlembagaan Persekutuan supaya undang-undang boleh digubal tanpa persetujuan Yang di-Pertuan Agong. Kuasa mengisytiharkan darurat juga dipindahkan daripada Seri Paduka kepada Perdana Menteri.Pada 1993, Dr Mahathir juga melucutkan kekebalan raja-raja Melayu dan mahu peruntukan undang-undang supaya baginda boleh diheret dan dibicarakan di mahkamah khas.[17][18]

Sekumpulan mahasiswa khususnya Solidariti Mahasiswa Malaysia (SMM) telah menyatakan sokongan mereka terhadap beliau dan membantah penggantungannya. [19] Ketua Pemuda PKR, Shamsul Iskandar Md Akin mengajak alumni universiti itu mengadakan protes di Masjid UIA di Gombak selepas solat Jumaat, 21 Oktober 2011.